Kościół ewangelicko-augsburski Świętej Trójcy– kościół należący do diecezji mazurskiej Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w RP. Jeden z rejestrowanych zabytków miasta.
Kościół Matki Bożej Różańcowej – rzymskokatolicki kościół parafialny należący do dekanatu Mikołajki diecezji ełckiej. Mieści się przy ulicy Michała Kajki.
Parafia św. Mikołaja w Mikołajkach – parafia rzymskokatolicka w dekanacie Mikołajki, diecezja ełcka.
Została kanonicznie erygowana 1 lipca 1990 przez biskupa warmińskiego Edmunda Piszcza.